6 สิงหาคม 1998
– หลังจากเหตุการณ์ Mansion Incident ใน Resident Evil ภาคแรกจบลง สมาชิกหน่วย S.T.A.R.S. ที่รอดชีวิตจำนวน 4 คน ได้แก่ คริส, จิล, แบร์รี่ และ รีเบคก้า ก็ได้ทำสำนวนคดีและบันทึกรายงานภารกิจที่เกิดขึ้นในช่วงวันที่ 23-24 กรกฎาคม 1998 เสนอต่อ ไอออนส์ ซึ่งเป็นผู้กำกับของสถานีตำรวจเมืองแร็คคูนซิตี้ ทว่าสิ่งที่พวกคริสไม่ได้คาดคิดมาก่อนก็คือไอออนส์นั้นเป็นตำรวจกังฉินที่รับสินบนจาก Umbrella มาโดยตลอด และเจ้าตัวก็แอบเข้าไปพบกับ วิลเลียม เบอร์คิน นักวิทยาศาสตร์ระดับหัวแถวของ Umbrella เพื่อหาทางรับมือกับเรื่องนี้ เพราะเชื่อว่าพวกคริสน่าจะสืบคดีแบบกัดไม่ปล่อยแน่
19-20 สิงหาคม 1998
– เบอร์คินเตือนไอออนส์ว่าให้คอยจับตาดูความเคลื่อนไหวของพวกคริสต่อไป เนื่องจากการพัฒนาเชื้อไวรัสชนิดใหม่ของตนเองใกล้เสร็จสมบูรณ์แล้ว
24 สิงหาคม 1998
– คริสออกเดินทางไปยังศูนย์ใหญ่ของ Umbrella ที่อยู่ในทวีปยุโรปเพื่อขยายผลการสืบสวน ในขณะที่จิลจะยังคงอยู่ในเมืองแร็คคูนซิตี้ไปก่อน เพื่อสืบหาแล็บทดลองของ Umbrella ที่น่าจะซ่อนอยู่ภายในเมือง (เรื่องราวของจิลกลายเป็นพล็อตของ Resident Evil 3: Nemesis ในเวลาต่อมา)
กันยายน 1998
– ในที่สุด เบอร์คินก็ประสบความสำเร็จในการพัฒนาเชื้อสายพันธุ์ใหม่ที่มีชื่อว่า G-Virus แต่เบอร์คินเกิดความระแวงว่าทาง Umbrella น่าจะส่งคนมาสังหารเขาและชิงเอาเชื้อไปแน่ๆ เหมือนกับที่ตนเองเคยนำกำลังทหารมาชิงเอาเชื้อ T-Virus ไปจาก เจมส์ มาร์คัส นั่นเอง (มาร์คัสเป็นตัวร้ายหลักของ Resident Evil 0)
22 กันยายน 1998
– HUNK ทหารมือฉมังจากหน่วยรบพิเศษของ Umbrella นำลูกทีมบุกเข้ามายังแล็บ Umbrella ที่อยู่ใต้ดินของเมืองแร็คคูนซิตี้ พร้อมกับรัวกระสุนใส่เบอร์คินจนบาดเจ็บสาหัส ก่อนจะชิงเอาตัวอย่างเชื้อ T-Virus และ G-Virus แล้วหลบหนีไป ทางด้านเบอร์คินได้ใช้แรงเฮือกสุดท้ายหยิบหลอดบรรจุเชื้อ G-Virus มาฉีดเข้าร่างตัวเองจนกลายร่างเป็นอาวุธชีวภาพที่มีพละกำลังมหาศาล แล้วออกตามล่าพวกของ HUNK จนลูกทีมของ HUNK ตายเรียบ ส่วน HUNK ก็ถูกโจมตีจนสลบไป ขณะเดียวกัน ระหว่างที่ทีมของ HUNK ต่อสู้กับเบอร์คิน ก็ได้ทำให้หลอดบรรจุเชื้อไวรัสล้วนแตกกระจาย จนเชื้อไหลลงไปตามทางระบายน้ำ ทีนี้บรรดาสัตว์ต่างๆ ตามท่อก็พากันติดเชื้อกันหมด และแผ่ขยายวงกว้างไปสู่ชาวเมืองแร็คคูนซิตี้ในเวลาต่อมา
ช่วงวันที่ 24-28 กันยายน 1998
– เวสเกอร์รับรู้ถึงการแพร่กระจายของเชื้อไวรัสในเมืองแร็คคูนซิตี้ และต้องการจะบุกเข้าไปเอาตัวอย่างเชื้อ G-Virus ออกมา แต่เขายังไม่อยากที่จะให้ความลับที่ว่าตนเองยังมีชีวิตอยู่นั้นถูกเปิดเผย เลยจัดการส่ง เอด้า ไปปฏิบัติภารกิจขโมยเชื้อแทน
29 กันยายน 1998
– แคลร์ เรดฟิลด์ เดินทางมาถึงเมืองแร็คคูนซิตี้เพื่อตามหาคริส พี่ชายของเธอที่ขาดการติดต่อไปร่วมเดือน และเป็นเวลาเดียวกับที่ ลีออน เคนเนดี้ มาถึงเมืองแร็คคูนซิตี้เพื่อเข้าทำงานเป็นตำรวจวันแรกด้วยเช่นกัน ต่อมาทั้งแคลร์กับลีออนพบว่าผู้คนในเมืองได้ติดเชื้อกลายเป็นซอมบี้ไปหมดแล้ว และเดินทางไปสถานีตำรวจเมืองแร็คคูนซิตี้ด้วยกัน แต่ดันเกิดอุบัติเหตุทำให้แคลร์กับลีออนต้องแยกกันไปคนละทาง
– Umbrella ได้ส่ง Tyrant รุ่นใหม่ รหัส T-103 ลงมาที่เมืองแร็คคูนซิตี้เพื่อเอาตัวอย่างเชื้อ G-Virus กลับไปให้ได้
– ลีออนพบกับเอด้าที่อ้างว่าเธอกำลังตามหาแฟนหนุ่มนามว่า จอห์น ที่เป็นนักวิทยาศาสตร์ของ Umbrella โดยเธอทราบเบาะแสว่ามีนักข่าวคนนึงชื่อ เบ็น ที่รู้ข้อมูลของจอห์น และพบกับเจ้าตัวที่ได้ขังตัวเองอยู่ในคุกใต้ดินของสถานีตำรวจ
– แคลร์พบกับ เชอร์รี่ ลูกสาวของวิลเลียม เบอร์คิน และ แอนเน็ตต์ เบอร์คิน สองผัวเมียนักวิทยาศาสตร์ของ Umbrella โดยเชอร์รี่เล่าว่าเธอออกมาตามหาพ่อที่หายตัวไปร่วมสัปดาห์ และได้ยินเสียงคล้ายว่าพ่อกำลังร้องเรียกตนเองจากที่ไหนสักแห่ง ก่อนที่เธอจะวิ่งหายไป
– ลีออนกับเอด้าเดินทางมายังสถานีบำบัดน้ำเสียตามคำแนะนำของเบ็น ที่บอกว่าเส้นทางดังกล่าวจะนำไปสู่แล็บทดลองลับของ Umbrella กระทั่งมาสุดที่ทางตัน ลีออนเลยส่งเอด้ามุดผ่านช่องลมจนมาโผล่อีกฟากหนึ่งของห้อง เอด้าจึงได้เจอกับเชอร์รี่ แต่เชอร์รี่กลับวิ่งหนีและทำสร้อยคอของตัวเองตกพื้น เอด้าเลยหยิบเอาสร้อยคอของเชอร์รี่มาเก็บไว้กับตัว
– ลีออนย้อนกลับไปหาเบ็นและพบว่าเขาถูกเบอร์คินที่ทำร้ายจนปางตาย ก่อนที่เบ็นจะสิ้นใจเขาเผยความจริงให้ลีออนรู้ว่า ไอออนส์ ผู้กำกับของสถานีตำรวจเมืองแร็คคูนซิตี้ทำงานเป็นสายให้กับ Umbrella
– ทางฝั่งแคลร์ก็ได้พบกับเส้นทางลับที่ไอออนส์ใช้เดินทางไปมาระหว่างสถานีตำรวจกับแล็บทดลองใต้ดินของ Umbrella และพบกับไอออนส์ที่ดักรออยู่ก่อนแล้ว โดยไอออนส์เองที่เพิ่งจะโดนเบอร์คินฝังตัวอ่อนเข้าไปในร่างกายมาหมาดๆ ก็พยายามจะฆ่าแคลร์ปิดปาก ระหว่างนั้นตัวอ่อนที่อยู่ในตัวไอออนส์ก็เริ่มเจริญเติบโตและฉีกร่างของไอออนส์เป็นสองซีกทันที
– ลีออนกับเอด้าพบกับแอนเน็ตต์เข้าโดยบังเอิญ ทั้งคู่พยายามวิ่งไล่ตามนางไปแต่เจอยิงสวน ลีออนพุ่งเข้าขวางเลยรับกระสุนแทนเอด้าจนบาดเจ็บ เอด้าเลยสะกดรอยตามแอนเน็ตต์ไปต่อ เลยรู้ความจริงว่าสร้อยคอที่เธอเก็บมาได้มีตัวอย่างเชื้อ G-Virus ซ่อนอยู่
– แคลร์พาเชอร์รี่เดินทางผ่านท่อระบายน้ำ แต่มีอยู่จังหวะหนึ่งที่เชอร์รี่พลัดตกลงไปในท่อและสลบไป ต่อมาเบอร์คินได้เข้ามาหาเชอร์รี่แล้วจัดการฝังตัวอ่อนเข้าไปในร่างของเธอ ทำให้แคลร์ต้องหาวิธีรักษาเชอร์รี่โดยด่วน
30 กันยายน 1998
– ลีออนกับเอด้าลงมาถึงศูนย์วิจัยขนาดใหญ่ของ Umbrella ที่อยู่ใต้ดินของเมืองแร็คคูนซิตี้ แต่ระหว่างที่เดินทาง เอด้าก็ถูกเบอร์คินลอบทำร้ายจนบาดเจ็บ ลีออนเลยออกไปสู้จนชนะ ทว่าลิฟต์ก็ดันหยุดทำงานชั่วขณะ พอลีออนออกไปตรวจดู ลิฟต์ก็กลับมาทำงานอีกครั้ง เอด้ากับลีออนเลยโดนจับแยก ลีออนจึงต้องออกตามหาเอด้าอีกรอบ
– เชอร์รี่เริ่มมีอาการไม่สู้ดีนักหลังได้รับตัวอ่อนจากเบอร์คินเข้าไป แคลร์เลยต้องขอความช่วยเหลือจากแอนเน็ตต์ถึงวิธีรักษา จนทราบว่าในแล็บมีเครื่องผลิตวัคซีนอยู่ และเธอต้องหาทางผลิตวัคซีนออกมาให้ได้ทันเวลาก่อนที่เชอร์รี่จะกลายร่างตามเบอร์คินไปอีกคน
– Tyrant ออกมาขวางลีออนในห้องหนึ่ง สักพักเอด้าก็โผล่ออกมาช่วยลีออนจนตัวเองถูกทำร้ายบาดเจ็บสาหัส ส่วน Tyrant ก็โดนเอด้ารัวยิงจนร่วงลงไปในบ่อหลอมด้านล่าง เอด้าคิดว่าตัวเองคงไม่รอดเลยขอให้ลีออนทิ้งเธอไว้ที่นี่ จากความผูกพันที่ก่อตัวขึ้นระหว่างผจญภัยมาด้วยกัน ลีออนตัดสินใจสารภาพความในใจกับเธอ ก่อนที่เอด้าจะนอนแน่นิ่งไป
– เบอร์คินที่สูญเสียสติสัมปชัญญะไปโดยสมบูรณ์ได้โผล่เข้ามาทำร้ายแอนเน็ตต์จนบาดเจ็บหนัก กว่าแคลร์จะมาเจอก็สายเกินจะช่วยอะไรได้แล้ว แอนเน็ตต์ขอร้องให้แคลร์นำวัคซีนที่ผลิตมาไปช่วยชีวิตเชอร์รี่ให้ได้ และนั่นเป็นคำพูดประโยคสุดท้ายของเธอ
– จากผลการต่อสู้ระหว่างเอด้ากับ Tyrant เมื่อก่อนหน้านี้ได้ทำให้แผงควบคุมหลักของศูนย์วิจัยเสียหายหนัก และเป็นการเปิดระบบทำลายตัวเองของศูนย์วิจัยโดยอัตโนมัติ เป้าหมายต่อไปของลีออน แคลร์ และเชอร์รี่คือหนีออกไปจากศูนย์วิจัยผ่านทางรถไฟฉุกเฉิน ทว่า Tyrant ได้เข้ามาขวางลีออนเสียก่อน เลยเกิดการต่อสู้กัน ระหว่างนั้นเอด้าได้ปรากฏตัวขึ้นพร้อมกับโยนปืนร็อคเก็ตลอนเชอร์มาให้ ลีออนเลยใช้มันปราบ Tyrant ได้สำเร็จ แต่ยังไม่ทันที่ลีออนจะได้ถามอะไร เอด้าก็ชิงหนีไปแล้ว
– แคลร์จัดการฉีดวัคซีนช่วยเชอร์รี่ไว้ได้ทันเวลา พร้อมกับที่รถไฟฉุกเฉินเคลื่อนขบวนออกสู่โลกภายนอก ทว่าเบอร์คินที่กลายร่างไปไกลมากจนไม่เหลือเค้าเดิมก็ยังออกมาขวางพวกลีออนอีกรอบ เชอร์รี่เลยกดสวิตช์เปิดระบบทำลายรถไฟทิ้งไปพร้อมกับเบอร์คินและหนีจากเมืองแร็คคูนซิตี้ได้สำเร็จ
– หลังรอดชีวิตมาได้ แคลร์ตัดสินใจออกตามหาคริสต่อที่ทวีปยุโรป ส่วนลีออนกับเชอร์รี่ได้รับการช่วยเหลือจากรัฐบาลสหรัฐฯ ซึ่งลีออนยอมเข้ารับการฝึกเป็นเจ้าหน้าที่พิเศษของรัฐบาล เพื่อแลกกับการที่เชอร์รี่จะได้รับการดูแลอย่างดีในฐานะพยานคนสำคัญที่จะให้การเอาผิด Umbrella ได้ในอนาคต
